深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，深圳海关也是全国任务最繁重的海关之一。深圳海关为企业提供“24小时预约通关”等个性化服务。
深圳市边境是靠近香港新界北区的，包括罗湖区、盐田区、福田区及沿海的南山区，是中国拥有最多陆路口岸的城市，在深圳各处连接香港，市民及来访游客可以凭旅游证件方便来往深港两市之间。
沙头角
从深圳市入境香港只需要十分钟时间办理出入境手续便可以进入香港边境管制站（禁区）转乘交通进入市区。深圳已建成通往境外的各类口岸18个，其中包括中国客流量最大的旅客出入境陆路口岸——罗湖口岸，24小时通关的皇岗口岸等。罗湖口岸、福田口岸均有深圳地铁罗宝线与香港地铁东铁线接驳。
深圳市边境口岸有：罗湖口岸、深圳湾口岸、福田口岸、皇岗口岸、文锦渡口岸、沙头角口岸、蛇口码头口岸（可供旅游人士入境香港转机出国的口岸）。2011年，经一线口岸出入境人员2.38亿人次，出入境交通工具1954.52万辆（艘）次。
地铁
深圳地铁（Shenzhen Metro）是指服务于中国广东省深圳市的城市轨道交通，其第一条线路于2004年12月28日正式开通运营，使深圳为中国内地第八座开通轨道交通的城市。截至2020年12月31日，深圳地铁运营里程为422.6千米，位于中国内地第五名。
截至2020年8月，深圳地铁已开通运营线路共有11条，分别为：1号线、2号线、3号线、4号线、5号线、6号线、7号线、8号线、9号线、10号线、11号线。全市地铁运营线路总长411公里，车站283座。构成覆盖深圳市罗湖区、福田区、南山区、盐田区、宝安区、龙华区、龙岗区、光明区全部市辖行政区的城市轨道网络。
公交
深港深圳湾跨海大桥
2010年11月，交通运输部与深圳市*政府签订了《共建国家“公交都市”示范城市合作框架协议》，全面启动公交都市建设。截至2010年底，深圳市共有公交线路756条，公交车辆1.25万台，全年公共交通客流量达24.43亿人次。深圳现有公交线路近854条，与内地其他城市有所不同，深圳公交有干线、支线、快线三种类型，不同类型的巴士线路车身颜色不同。
干线公交（蓝绿色）：主要走主干道，其线路路程一般在15KM以上，其线路命名是000、M000、000A、000B、000区间等（以下“0”代表数字），比如1、21、101、M341、234区间就属于干线公交；
支线公交（黄色）：主要走支路，其线路路程一般在10KM以内，其线路命名是B000，比如B600、B799路等就属于支线公交；
快线公交（绿色）：主要走高速公路、城市快速道路，其线路路程一般在30KM以上，而且停靠站点也少，其线路命名是E00、K000，比如E10、E1、K538、K302等等都是属于快线公交。
夜间公交（Night）：在23时至次日5时运行，其命名是N00，比如N1、N20等。
高峰专线、高快巴士：其命名是高峰专线1、高快巴士1，其主要是在工作日的上下班高峰期开行，是为了满足市民的上下班需要。
旅游公交（Journey）：其命名是J00，比如J1等。
假日专线（Holiday）：其命名是H00，比如H1等。
城际公交：长68、长69、长328、长58、长21、长19、长18、长16、康11、深惠1、深莞1、深莞2、专营巴士B2、深惠3、深惠3B、专营巴士B3、专线小巴618号、福7、康7。