2011年底，深圳市长途客运班线覆盖省内各市县，辐射香港、澳门及内地20多个省（自治区、直辖市）。随着珠三角区域交通一体化和高速公路联网的实现，深圳作为国家级交通枢纽城市的地位进一步巩固。
2012年2月27日，深圳市汽车保有量达到200万辆，次于北京，在全国排名第二，机动车保有量排名第八。深圳道路车辆密度已经突破300辆/千米，超过了国际上270辆/千米的警戒值。国家发展改革委与交通运输部联合发布《城镇化地区综合交通网规划》，其中深中通道被编为G2518国家高速公路。深中通道是连接广东省深圳市和中山市的大桥。计划采用东隧西桥的线位方案，路线起于广深沿江高速机场互通立交，与深圳侧连接线对接，向西跨越珠江口。
铁路
深圳是国家铁路枢纽城市，贯穿中国大陆的两条主要铁路干线—京广铁路和京九铁路在深圳交汇，基本明确了深圳“东西贯通、南北终到”的铁路布局，并新增西丽站作为深圳第二座高铁主站。广九铁路、厦深铁路、穗深城际铁路建成通车。
火车站有深圳站、深圳北站、深圳西站、深圳东站（原布吉火车站）、深圳坪山站、深圳机场站、深圳机场北站、光明城站等。
航运
深圳港拥有港口主要有：蛇口码头、福永码头、盐田码头、赤湾码头、妈湾码头、内河码、东角头码头、下桐沙渔涌码头、大铲湾码头。
截至2011年底，深圳港共拥有各类泊位172个，其中万吨级以上泊位69个，集装箱专用泊位45个，港口综合吞吐能力约2亿吨，集装箱吞吐能力1925万标准箱。有47家国际班轮公司在深圳港开辟集装箱国际班轮航线238条，是中国国际班轮航线密度最高的城市之一。深圳港集装箱吞吐量连续九年位居世界集装箱港口第四位。2016年，全年港口货物吞吐量21409.87万吨，比上年下降1.4%；集装箱吞吐量2397.93万标箱，下降0.9%，其中，出口集装箱吞吐量1239.11万标箱，增长0.3%。全市年末拥有港口泊位数152个，其中万吨级泊位72个。
航空
深圳宝安国际机场
深圳宝安国际机场位于宝安区，1991年正式通航，飞行等级为4F级。宝安机场是全国区域性枢纽机场，是仅次于上海浦东国际机场、北京首都国际机场、广州白云国际机场的中国第四大航空港，为世界百强机场之一。2018年，全年机场旅客吞吐量4934.92万人次，比上年增长8.2%。年末国际客运航线通航城市45个，通航国家24个。开通运营国际航线46条，港澳台航线4条。
深圳宝安国际机场是中国境内第一个实现海、陆、空联运的现代化国际空港，通航城市92个，通航航线167条，基地航空公司9家，城市候机楼26座。机场二跑道已于2011年07月26日建成并投入使用，标志着深圳空港进入双跑道运营时代。
深圳机场综合实力排名连续十年位居中国内地城市第四位。深圳机场T3候机楼已在2013年11月28号投入使用，进一步增强了深圳机场的运输能力，提升深圳机场的竞争力。
公共交通
口岸
深圳罗湖口岸
深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，拥有经国务院批准对外开放的一类口岸15个，其中包括中国客流量最大的旅客出入境陆路口岸——罗湖口岸，24小时通关的皇岗口岸，以及中国首个内地与香港无缝接驳的地铁口岸——福田口岸，唯一“一地两检”的陆路口岸——深圳湾口岸。2016年经深圳口岸出入境人员2.39亿人次，日均65.6万人次；全年共查验交通运输工具1583.63万辆次，日均4.33万辆次。[46]
深圳海陆空铁口岸俱全，是中国拥有口岸数量最多、出入境人员最多、车流量最大的口岸城市。深圳海关直属中华*共和国海关总署领导，业务管辖区域包括深圳市及惠州市。深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，深圳海关也是全国任务最繁重的海关之一。深圳海关为企业提供“24小时预约通关”等个性化服务。
深圳市边境是靠近香港新界北区的，包括罗湖区、盐田区、福田区及沿海的南山区，是中国拥有最多陆路口岸的城市，在深圳各处连接香港，市民及来访游客可以凭旅游证件方便来往深港两市之间。
沙头角
从深圳市入境香港只需要十分钟时间办理出入境手续便可以进入香港边境管制站（禁区）转乘交通进入市区。深圳已建成通往境外的各类口岸18个，其中包括中国客流量最大的旅客出入境陆路口岸——罗湖口岸，24小时通关的皇岗口岸等。罗湖口岸、福田口岸均有深圳地铁罗宝线与香港地铁东铁线接驳。
深圳市边境口岸有：罗湖口岸、深圳湾口岸、福田口岸、皇岗口岸、文锦渡口岸、沙头角口岸、蛇口码头口岸（可供旅游人士入境香港转机出国的口岸）。2011年，经一线口岸出入境人员2.38亿人次，出入境交通工具1954.52万辆（艘）次。
地铁
深圳地铁（Shenzhen Metro）是指服务于中国广东省深圳市的城市轨道交通，其第一条线路于2004年12月28日正式开通运营，使深圳为中国内地第八座开通轨道交通的城市。截至2020年12月31日，深圳地铁运营里程为422.6千米，位于中国内地第五名。
截至2020年8月，深圳地铁已开通运营线路共有11条，分别为：1号线、2号线、3号线、4号线、5号线、6号线、7号线、8号线、9号线、10号线、11号线。全市地铁运营线路总长411公里，车站283座。构成覆盖深圳市罗湖区、福田区、南山区、盐田区、宝安区、龙华区、龙岗区、光明区全部市辖行政区的城市轨道网络。
公交
深港深圳湾跨海大桥
2010年11月，交通运输部与深圳市*政府签订了《共建国家“公交都市”示范城市合作框架协议》，全面启动公交都市建设。截至2010年底，深圳市共有公交线路756条，公交车辆1.25万台，全年公共交通客流量达24.43亿人次。深圳现有公交线路近854条，与内地其他城市有所不同，深圳公交有干线、支线、快线三种类型，不同类型的巴士线路车身颜色不同。
干线公交（蓝绿色）：主要走主干道，其线路路程一般在15KM以上，其线路命名是000、M000、000A、000B、000区间等（以下“0”代表数字），比如1、21、101、M341、234区间就属于干线公交；
支线公交（黄色）：主要走支路，其线路路程一般在10KM以内，其线路命名是B000，比如B600、B799路等就属于支线公交；
快线公交（绿色）：主要走高速公路、城市快速道路，其线路路程一般在30KM以上，而且停靠站点也少，其线路命名是E00、K000，比如E10、E1、K538、K302等等都是属于快线公交。
夜间公交（Night）：在23时至次日5时运行，其命名是N00，比如N1、N20等。
高峰专线、高快巴士：其命名是高峰专线1、高快巴士1，其主要是在工作日的上下班高峰期开行，是为了满足市民的上下班需要。
旅游公交（Journey）：其命名是J00，比如J1等。
假日专线（Holiday）：其命名是H00，比如H1等。
城际公交：长68、长69、长328、长58、长21、长19、长18、长16、康11、深惠1、深莞1、深莞2、专营巴士B2、深惠3、深惠3B、专营巴士B3、专线小巴618号、福7、康7。