2011年底，深圳市长途客运班线覆盖省内各市县，辐射香港、澳门及内地20多个省（自治区、直辖市）。随着珠三角区域交通一体化和高速公路联网的实现，深圳作为国家级交通枢纽城市的地位进一步巩固。
2012年2月27日，深圳市汽车保有量达到200万辆，次于北京，在全国排名第二，机动车保有量排名第八。深圳道路车辆密度已经突破300辆/千米，超过了国际上270辆/千米的警戒值。国家发展改革委与交通运输部联合发布《城镇化地区综合交通网规划》，其中深中通道被编为G2518国家高速公路。深中通道是连接广东省深圳市和中山市的大桥。计划采用东隧西桥的线位方案，路线起于广深沿江高速机场互通立交，与深圳侧连接线对接，向西跨越珠江口。
铁路
深圳是国家铁路枢纽城市，贯穿中国大陆的两条主要铁路干线—京广铁路和京九铁路在深圳交汇，基本明确了深圳“东西贯通、南北终到”的铁路布局，并新增西丽站作为深圳第二座高铁主站。广九铁路、厦深铁路、穗深城际铁路建成通车。
火车站有深圳站、深圳北站、深圳西站、深圳东站（原布吉火车站）、深圳坪山站、深圳机场站、深圳机场北站、光明城站等。
航运
深圳港拥有港口主要有：蛇口码头、福永码头、盐田码头、赤湾码头、妈湾码头、内河码、东角头码头、下桐沙渔涌码头、大铲湾码头。
截至2011年底，深圳港共拥有各类泊位172个，其中万吨级以上泊位69个，集装箱专用泊位45个，港口综合吞吐能力约2亿吨，集装箱吞吐能力1925万标准箱。有47家国际班轮公司在深圳港开辟集装箱国际班轮航线238条，是中国国际班轮航线密度最高的城市之一。深圳港集装箱吞吐量连续九年位居世界集装箱港口第四位。2016年，全年港口货物吞吐量21409.87万吨，比上年下降1.4%；集装箱吞吐量2397.93万标箱，下降0.9%，其中，出口集装箱吞吐量1239.11万标箱，增长0.3%。全市年末拥有港口泊位数152个，其中万吨级泊位72个。
航空
深圳宝安国际机场
深圳宝安国际机场位于宝安区，1991年正式通航，飞行等级为4F级。宝安机场是全国区域性枢纽机场，是仅次于上海浦东国际机场、北京首都国际机场、广州白云国际机场的中国第四大航空港，为世界百强机场之一。2018年，全年机场旅客吞吐量4934.92万人次，比上年增长8.2%。年末国际客运航线通航城市45个，通航国家24个。开通运营国际航线46条，港澳台航线4条。
深圳宝安国际机场是中国境内第一个实现海、陆、空联运的现代化国际空港，通航城市92个，通航航线167条，基地航空公司9家，城市候机楼26座。机场二跑道已于2011年07月26日建成并投入使用，标志着深圳空港进入双跑道运营时代。
深圳机场综合实力排名连续十年位居中国内地城市第四位。深圳机场T3候机楼已在2013年11月28号投入使用，进一步增强了深圳机场的运输能力，提升深圳机场的竞争力。
公共交通
口岸
深圳罗湖口岸
深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，拥有经国务院批准对外开放的一类口岸15个，其中包括中国客流量最大的旅客出入境陆路口岸——罗湖口岸，24小时通关的皇岗口岸，以及中国首个内地与香港无缝接驳的地铁口岸——福田口岸，唯一“一地两检”的陆路口岸——深圳湾口岸。2016年经深圳口岸出入境人员2.39亿人次，日均65.6万人次；全年共查验交通运输工具1583.63万辆次，日均4.33万辆次。[46]
深圳海陆空铁口岸俱全，是中国拥有口岸数量最多、出入境人员最多、车流量最大的口岸城市。深圳海关直属中华*共和国海关总署领导，业务管辖区域包括深圳市及惠州市。